微波杀菌是利用了电磁场的热效应微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松驰、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体嘁畸变，甚至断裂。
主要应用于粉状、颗粒、片状等食品、药品（中草药材、各种口服液）、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、糕点、胡椒粉、方便面、豆制品、速食品、海产品、卡拉胶、调味品等的干燥脱水、杀菌、，杏仁、鱼干、饼干、花生、桃仁、茶叶、干果等的烘烤、膨化、杀菌、杀青，酱菜、卤味、各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜，以及对各类速冻食品的解冻处理、酒类老熟和催陈处理，还用于各科研院校的科研。
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